熏蒸木箱大多是有木材制成，其中可能会藏有昆虫及虫卵，有传入有害生物的风险，甚至可能会对农业和森林资源产生危害。因此熏蒸木箱用作包装箱出口时，海关部门要求做熏蒸处理，并且要有相应的证书。对我国出口的木质包装物进行熏蒸木箱(消毒)的国家有：美国、加拿大、欧盟、日本及澳大利亚，其中对美、加必须出具官方熏蒸木箱(消毒)证书。

需要注意的是熏蒸木箱(消毒)证书的有效期为21天，需要及时更新。